造血干細胞移植會暫時地抑制或削弱病人的免疫功能，延緩機體對感染作出的反應。這意味著病人在移植后發生感染的風險較高。可能的感染癥狀包括發熱、全身不適、惡心、嘔吐、腹瀉、流鼻涕、咽痛、持續性咳嗽等。

接受造血干細胞移植后，病人血液中的中性粒細胞的數量可能會不足。中性粒細胞能對抗感染，尤其是細菌和真菌引起的感染。如果病人的中性粒細胞計數偏低，說明存在中性粒細胞減少。中性粒細胞計數越低，越容易發生感染。

因此，移植后，醫生會定期檢查病人外周血的中性粒細胞計數。如果患者的中性粒細胞減少，需要采取措施來預防感染。

造血干細胞移植前的預處理治療會造成體內的血小板數量減少，血小板有幫助凝血的作用。在植入的干細胞開始生成新的血小板之前，病人發生出血的風險較高。移植后的干細胞生成新的血小板通常需要幾周的時間。在此之前，病人可能很容易出現瘀青，也容易發生鼻出血和牙齦出血。因此醫生會通過血液檢查來密切監測病人的血小板計數。如果血小板計數過低，可能需要輸注血小板。

移植物抗宿主病（GVHD）由供者干細胞在構建新的免疫系統時將病人自身的組織和器官當作外來物加以攻擊引起。

GVHD可發生在移植后的任何時間，但在骨髓開始產生健康細胞后更常見。許多接受異基因造血干細胞移植的患者會在某一階段出現GVHD。如果是無關供者移植，則發生GVHD的風險則會更高。但任何接受異基因干細胞移植的患者都有可能發生GVHD。

GVHD分兩種類型：急性和慢性。急性GVHD往往出現較早，通常發生在移植后的最初幾個月。它通常累及皮膚、消化道或肝臟。慢性GVHD一般出現較晚，可累及多個器官。

造血干細胞移植通常能成功恢復機體的正常造血功能。但即使已接受造血干細胞移植，疾病也有可能復發。為確保疾病沒有復發，病人需要在移植后經常復診。

造血干細胞移植后，病人有時會出現肝、腎、肺、骨髓和心臟損傷。這些問題可由化療、放療或感染引起。醫生會在移植后密切監測病人的器官功能，以迅速發現和治療出現的問題。如果出現器官損傷的并發癥，可能需要住院或接受其他治療。